Duchesne s-a confruntat nu atât cu chestiuni filozofice, cu obiecţii de ordin filozofic, ca unii dintre prietenii lui modernişti, cât cu anumite cutume literare, obiceiuri , idei primite, frazeologie, sau obtuzitate. Interpretat dinspre modernism, şi cu preocupările apologetice ale acestuia, Duchesne pare un precursor, un pionier; înţeles dinspre catolicismul veacurilor, e un reformator de bun simţ al literaturii ştiinţifice. Era conştient nu doar în mod teoretic de limitele ştiinţei lui, şi de ale ştiinţei posibile. Ştiinţa lui modernă nu a devenit niciodată febrilitate scientistă. Îi displăceau supralicitările moderniştilor, exagerările lor, iar acest fapt nu l-au putut escamota sau ascunde nici corespondenţii lui.
Există şi ceva conjunctural, o chestiune de strategie, dar şi o cinste, o onoare care nu erau şi ale moderniştilor eterodocşi. Iar onoarea intelectuală a lui Duchesne era una temperamentală, umană. Ironia lui pare să nu fi avut un substrat de batjocură, de rea credinţă. Duchesne observase că acţiunea moderniştilor radicali nu e în beneficiul credincioşilor, al fictivului om modern de care avea să se prevaleze progresismul postbelic, ci al unor coterii de intelectuali, al unor grupuri. Omul modern a cărui prevalenţă ar impune ajustări ale religiei e o ficţiune convenabilă, un ideal metodologic, un tip ideal.
Moderniştii radicali, pe unii din care Duchesne îi taxa drept aiuriţi, aveau să recurgă la simplificări arbitrare.
Dizidenţii antebelici au vrut să îl interpreteze pe Duchesne ca precursor. Or, e discutabil că el însuşi s-ar fi înţeles vreodată ca atare, că s-ar fi vrut pionierul modernismului radical. Dimpotrivă, a criticat cu severitate, în scrisori, radicalizarea publică a unora dintre dizidenţi, ale căror prestidigitaţii nu îl epatau, însă nu fiindcă ar fi fost imprudentă, ci pentru că era contradictorie.
Însă Duchesne era un înţelept, un om de o inteligenţă extraordinară şi un înţelept modern, care ştiuse ce să admire la Renan (anecdotele referitoare la simpatia pe care ar fi avut-o faţă de Renan par plauzibile); ceea ce le reproşa moderniştilor e tocmai de a nu fi avut cinstea şi consecvenţa acestuia, le reproşa lipsa de onoare, duplicitatea, inconsecvenţa, ipocrizia, pretenţia contradictorie de a se mai numi creştini …. Iar încrâncenarea dizidenţilor, mahalagismul ranchiunos al unora dintre ei nu aveau cum să îi placă. Dealtminteri, Duchesne făcea, încă din 1906, o critică aspră a modernismului: ‘aceşti preoţi jonglează în public cu articolele fundamentale ale Crezului şi pretind să rămână preoţi’, ceea ce îi părea indamisibil. Îi menţiona cu simpatie pe van Ortroy şi Genocchi.
Era om de lume nu numai prin conjunctură socială, ci şi prin temperament. În septembrie 1916 îl asigura pe Loisy de existenţa între ei doi a unui ‘fond de prietenie capabil să reziste la toate agitaţiile exterioare’. La un moment dat, găsea stilul lui Loisy, acela din ‘Religia’ (1917), prea pompos, şi îi recomanda să fie mai voltairian (‘Spuneţi-i aşadar să îl citească pe Voltaire’, poate şi pentru a nu îşi mai lua atât de mult în serios teoriile …); critica aceasta tendenţioasă şi laborioasă, cu ifose profetice, ajunsese să îi displacă. Iar filozofia moderniştilor, foarte nouă la acea dată, trebuie să îi fi fost străină, şi absolut indiferentă. Cred că evalua cu justeţe oamenii, inclusiv oamenii ca autori. Nu se înşela referitor la oameni, şi nici nu exagera.
Von Hügel, care tocmai citise ‘Fericitul Thomas More’ a lui Bremond, îi conferea, cu o largheţe nechibzuită, lui Loisy titlul de ‘Erasmul vremii noastre’, ‘un Erasm cu spiritul mult mai religios’ (scrisoare a lui von Hügel către Bremond, februarie 1904, publicată de Goichot în 1975). În martie 1904, Bremond răspundea, numindu-l, la rândul său, pe Loisy ‘Erasm al nostru’. Pare rezonabil faptul că acest titlu i s-ar fi potrivit mult mai bine lui Duchesne.
Ceea ce îi deconcertează şi chiar exasperează pe istorici e tocmai lipsa simplismului, a simplismului înregimentării explicite, din partea celui care nu a vrut să îşi caricaturizeze gândirea. Dilemele lor sunt false şi artificiale, pentru că nu pornesc de la psihologia plauzibilă.
În ianuarie 1912, Duchesne, care primise de la Loisy noua lucrare a acestuia, ‘Evanghelia după Marcu’ (1911), îi răspundea cu o parabolă: scepticismul progresiv al fostului său profesor de filologie greacă, şi aici nu se mai referea la strategie, ci la adevăr, la bunul simţ, la destinul jalnic al celui căruia neîncrederea îi transformă scepticismul în formalism. Glumea, însă cu amărăciune.
Insinuările lui Loisy lasă neatins ceea ce fusese sesizat de contemporani: ‘instinctul religios natural’, ‘credinţa şi nu ortodoxia’ sunt subterfugii pentru a explica neconvenabilul, propunând efigia unui ‘credincios neortodox’.
Artificialitatea conjecturilor psihologice referitoare la Duchesne provine din chiar miza apologetică a aprecierilor. Se încearcă să îi fie tăgăduită libertatea faţă de tabere.
Neîncrederea lui faţă de teorii e cât se poate de firească, temperamentală, nu o opţiune filozofică, şi e greşită situarea controversei în planul teoriei, care îi era indiferentă. Multe interpretări exprimă tocmai lipsă de simţ psihologic, neintuirea omului. Din nou, omul e redus la un termen al unei secvenţe diacronice: trecerea de la modernismul timpuriu la acela radical, asumat pe deplin (modernismul lui Trăsnea). Atât seculariştii, cât şi moderniştii radicali au încercat să se prevaleze de autoritatea lui, chiar să îl manipuleze sugerându-i ce tabără ar trebui să aleagă, , într-o acţiune de anexionism modernist. Taberele beligerante au încercat, cât timp mai trăia, să-l convingă, să-l convertească, apoi, postum, să şi-l atribuie, să şi-l aroge sau anexeze.
Erudiţia poate fi guvernată de bun simţ, ca la Duchesne, sau de inepţie. În măsura în care teologia e relaţionare cu Dumnezeu, nu pot să existe … revoluţii ştiinţifice, nici măcar reforme de această natură, care ar implica imperative ştiinţifice. Iar ca fapt general, impersonal, ştiinţa nu poate contribui la relaţionarea cu Dumnezeu. Asimilarea ştiinţei nu e o normă universală. Din acest motiv, postulatul modernist seamănă unui gnosticism secularist, inversat. Modernismul e gnosticismul scientiştilor, şi al pozitivismului în general. Modernismul a fost propus pentru a flata exigenţele intelectuale ale burghezilor de la sfârşitul sec. XIX. Cu vremea, unele principii filozofice au fost uitate, însă prejudecăţile au rămas. Axioma era că ştiinţele i-ar impune religiei câteva concluzii obligatorii, mai ales sub formă de interdicţii. De fapt, ştiinţa a rămas în acelaşi plan al fenomenelor, ca în Antichitate şi în Evul Mediu. Cauzele şi legităţile decelate de ea sunt, prin definiţie, fenomenale. Ea e o încercare de a explica fenomenele (exclusiv) prin alte fenomene.
Proiectul modernist e o religie burgheză, intrinsec oportunistă. Idealul moderniştilor era respectabilitatea intelectuală burgheză, aceeaşi care dictează, astăzi, revendicările de autonomie ale universitarilor catolici occidentali; modernismul a început prin a fi elitist, arogant şi condescendent, cât se poate de contrariu spiritului ştiinţific. Ceea ce propuneau sau cereau moderniştii era o religie postcreştină în serviciul propriilor lor certitudini (iar aceste certitudini erau mult mai numeroase, şi mai absolute, şi chiar mai divergente, decât ar fi putut să lase să se înţeleagă pretenţiile lor … ştiinţifice.) Principiul răzmeriţei moderniste a fost servirea nevoilor intelectualilor convinşi de noile mode filozofice, nu servirea credincioşilor, pentru care aveau mai ales dispreţ. Modernismul e revendicarea religioasă a burgheziei. Cum faptul de a fi burghez nu descalifică pe nimeni, existau şi lucruri adevărate, şi înşelări.